Desde la Prehistoria hay noticias de asentamientos humanos en esta zona, entre los que destaca la Cueva de Belda, donde se han encontrado restos neandertales. Más tarde llegarían romanos, visigodos y musulmanes, conformando uno de los municipios con mayor legado histórico, parte del cual se puede disfrutar en su museo arqueológico.
La ocupación romana de la zona debió ser importante, como demuestra la gran cantidad de restos de villas hallados aquí, además del hecho de que en el año 298 Ptolomeo hablaba en su “Geográfica” del poblado de Belda, un asentamiento humano en las inmediaciones de lo que, siglos después, será la Medina Belda de los árabes.
La medina, situada en la cima del Camorro, fue uno de los enclaves más destacados de la revuelta de Omar Ibn Hafsun en el siglo IX. Tras la conquista por los cristianos, Cuevas de San Marcos perteneció al municipio de Antequera, de la que se independizó a principios del siglo XIX.